Järvajõe küla mainitakse esmakordselt umbes 1330. aasta paiku Yekes nimega, 1379. aastal on ta Jekes, 1629. aastal Jerweieggy, 1689.a. Jerwejögi, Jeggis ja 1732. aastal juba Jerwajöe. 17. sajandi alguseks rajati küla asemele mõis, mis aastast 1839 kuulus samadele omanikele Porkuniga ning muutus viimase kõrvalmõisaks. 19. sajandi keskpaigaks tekkis mõisa lähedale taas Järvajõe küla (1859 Jerwajöe), kuigi ka Naistevälja küla kutsuti kohati Järvajõeks. Olemasolevatest taludest ja mõisa juurde loodud asundustaludest tekkis 1920. aastatel asundus, mis nimetati külaks 1977. aastal. Paljud elanikud käisid eriti 20. sajandil Ambla asemel Väike-Maarja kirikus. Mõisa rajamisest käibele tulnud Järvajõe nimi tuleb Valgejõest, mida Viru- ja Järvamaa piirijõena nimetati seal piirkonnas ka Järvajõeks. 1977. aastal liideti Järvajõega omaette asulana kirjas olnud Porkuni metskonna majad lõunapiiril. Järvajõe külas on sündinud klaverimeister ja Toomgildi oldermann Hans Heinrich Falck (1791-1874).
Eesti Vabariigi ajal töötas Järvajõe 3-klassiline algkool, mis asus Naistevälja külas.
2009. aastal loodi Järvajõele punahirvede park, mis kuulub firmale MMS Invest. Külas asub ka Laululinnu külalistemaja.
Aastal 2016 elas Järvajõe külas 30 inimest.